С 1980-х годов "Космопоиск" занимается поиском, раскопками и картированием подземных городов, подземных монастырей и других подземных сооружений на всей территории СССР и России.
Особое внимание оказывается поискам палеотоннелей и иных странных палеосооружений, а также подземных монастырей и подземных ходов в Волгоградской, Воронежской, Мурманской, Пермской, Челябинской областях, Башкирии, Ставропольском и Краснодарском крае, в ЕАО, Украине, Молдавии, Азербайджане и в других местах.
Некоторые группы, входящие в Объединение, также занимаются поиском и картированием ранее неизвестных подземелий, пещер и пещерных городов. "Космопоиск" занимался картированием пещер в России (Московская, Тверская, Тульская, Воронежская, Волгоградская области), Украине, Испании (пещеры Валенсии), Египте (пещера Моисея), Индонезии (островные пещеры, вскрытые волной цунами) и Малайзии (пещеры Бату), Тунисе...
С 1996 года регулярно проводит спелеоисследования в пещерах с целью тренировки новичков и для проведения экспериментов по магнитоориентированию и восприятию времени. В 1996-2007 годах в подземных экспериментах "Космопоиска" в 85 разведэкспедициях приняли участие всего 610 человек.